Santa Chiara-basilikaen ble bygd mellom 1257 og 1265 og har stor historisk og religiøs betydning. Kirken er oppkalt etter St. Klara, en venn og protesjé av St. Frans som stiftet De fattige kvinnene (Klarissene), en orden som har tusenvis av medlemmer den dag i dag. Fra piazzaen rett ved kirken kan du ta flotte bilder, og herfra får du også praktfull utsikt mot dalene sør for Assisi.
Før du går inn i basilikaen, kan du beundre den vakre fasaden mot vest, som består av vekselvise bånd med rosa og hvit stein. Fasaden blir støttet opp av to digre buer på hver side. Legg spesielt merke til det kunstferdig utskårne, hjulformede rosevinduet på forsiden av kirken og løverelieffene på hver side av vinduet.
Gå langsomt nedover kirkens halvmørke midtskip til du kommer til den lille korrundingen. Over koret henger det et malt krusifiks fra 1200-tallet. I et eget kapell i den sørlige enden av midtskipet kan du se et godt bevart trekrusifiks fra 1100-tallet. Dette ikonet snakket etter sigende til St. Frans ved San Damiano og beordret ham til å oppgi sitt luksuriøse og utsvevende liv for å tjene Gud og kirken.
Gå ned i den romslige krypten i nygotisk stil for å se graven til St. Klara. Kroppen hennes ligger i den østlige enden av krypten, og ansiktet er beskyttet av et lag voks. I den vestlige enden av krypten kan du se en rekke relikvier som er viktige for Fransiskanerordenen, for eksempel tunikaene til Frans og Klara samt lokker som Frans klippet av Klaras hår. Krypten ble bygd på 1800-tallet etter at man i 1850 fant kroppen til St. Klara. Den hadde til da vært gjemt under hovedalteret i seks århundrer.
Det er gratis adgang til Santa Chiara-basilikaen. Kirken er åpen hver dag, men åpningstidene varierer etter årstiden, og den er vanligvis stengt i lunsjtiden. Besøk basilikaen om morgenen for å unngå menneskemengdene fra de daglige bussturene hit. Da får du kanskje med deg en morgenmesse, for basilikaen er ikke bare et fortidsminne, men et gudshus i aktiv bruk.